殺菌鍋運行一段時間后鍋內特別是水殺菌設備可能會產生水垢（與水質使用頻率有關）或生銹，嚴重影響殺菌效果，導致殺菌不完全，一般建議每三個月要清洗一次，如果水質硬度較高，使用頻率每天超過8小時，則每月應該清洗一次。
水垢為鈣鎂離子為堿性物質，一般用酸進行清洗，請注意不要用鹽酸，因氯離子會腐蝕不銹鋼304、316等。以前一般采用硝酸但考慮安全與環保問題，現在鍋爐行業都采用緩蝕性緩沖液除垢劑，為多種混合化學配制，對金屬的腐蝕性較低，每個城市都能買到，價格也不貴，除垢的效果也不錯，唯除垢時間比較長，不及酸性除垢那么快，但對金屬的腐蝕性很低，所以建議用草酸。
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